A játék a shippuuden előtti két évben játszódik, azaz annak eseményei már másképp fognak lezajlani. Az országok közti feszültség egyre nagyobb és a küszöbön egy újabb világháború. Szinte naponta köttetnek új szövetségek, vagy bomlanak fel régiek, az országok Kagéinak szándékaitól függően. Ami közös, hogy minden ország erősít. tartalékokat halmoz fel és terveket kovácsol. A geninek létszáma megnőtt, hogy megfelelő utánpótlást biztosíthasson az országok haderejének. Közös chuunin vizsgáról szó sem lehet, hanem minden ország magának rendezi.
Az Akatsuki megerősödőben van és felkészültek, hogy megszerezzék a Bijuu-kat, ezáltal csapást mérve a háborúzni készülő országokra.
Ezen kívül létrejött egy újabb szervezed a Yashoku/Éjszaka Árnyai/. A szervezet vezetője a halottnak hitt Kimimaro, aki tisztázatlan körülmények közt, túl élte a Konoha ninjáival való összecsapást, valamint ismeretlen módon leküzdötte beregségét, egy saját szervezetet alapított, melynek fő célja Konoha elpusztítása, de a célországok közt szerepel Kirigakure is, bár ez inkább Kimimaro személyes bosszúja, amiért kiirtották a klánját. A szervezet bázisának hollétéről és annak tagjairól senki nem tud semmit. Egyelőre csendben működnek, de ha kitör a háború, valószínűleg ők is kiveszik belőle a részüket.